請問確定申告與退稅 - 留學

小弟去年1月到日本打工度假，12月換成工作簽證
最近申請確定申告碰壁兩次

第一次是上週去東千葉稅務署
拿著「支払い調書」去，對方說我繳的源泉徵所就這樣了，沒辦法變動
我離開後到國際交流協會想請教相關問題
對方幫我打電話給東京國稅局電話相談室
國稅局這邊說可以，大約可以退29萬左右等等的(金額不是本篇重點ww)
但是我想說可是千葉這邊不受理啊
但確定申告只能去居住地最近的辦是嗎(這點不知道有沒有強制？)
於是對方說可以打給東千葉稅務署的誰誰誰
打過去對方說支払い調書不行，源泉徵所票可以
如果變不了那就年末調整

跟公司(四人小事務所)經理說了之後，他也跟合作的會計士事務所聯繫
一來一往了幾次在我的堅持之下
對方終於發現可行，並且做了源泉徵所票給我
然後我今天拿去東千葉稅務署
對方說這張票很奇怪
然後在居住者與非居住者那打轉
但他比上週的熱心多了為我跑了兩趟問主管
就是不肯打電話問國稅局(這也是正常的吧)
他說如果去年簽契約時是非居住者，那錢就拿不回來
法律上第一年一定非居住者啊，但他又說是跟公司契約的問題
如果去年簽契約時是居住者，那我這多繳的稅應該是請公司年末調整拿回來
而確定申告沒辦法幫我實行
年末調整這個我想確實應該是公司疏忽了
但確定申告確定可行吧
這個時間點還可以年末調整嗎
雖然這是他自己提的，公司經理也說給他點時間

請問這種狀況小弟該怎麼辦呢？

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