電子發票開立後的修改？ - 發票

是這樣的，我剛到新的公司做會計
但我沒有直接開發票的作業，我是隔天依系統結帳

事件：
4月份發生過一次，電子發票開完後，
客人也取走了，隔天回到店裡說 統編錯了。
一般我們的設定是，次日8點上班前結帳上傳
後來是系統商協助修改 統編再重新上傳。
此時，好像已經超過規定48小時上傳規定。
後來收到國稅局的函要解釋為何超過48小時。
後來也回函結束了。
因為發生的當下我不知道。是收到函才知道。

最近又再發生一次是 載具 輸入錯誤，要修改。
一樣是客人隔天來修改。

我想問的是：
一般這樣情況下是要怎麼處理？
電子發票使用規定是48小時內必須上傳
那如果發票有問題是：
1.直接作廢重開比較方便？
2.系統商協助修改，後續再回函解釋原因？

我自己是覺得如果是2. 似乎也挺麻煩的。
要一直回函解釋原因。
我自己不是前端開發票的人，也沒用那套系統。
所以不好直接去教前端人員怎麼做比較好。
去年剛上線使用電子發票開立。
我是今年剛換到這間公司 =”=

這是我第一次做“開立電子發票”的公司。
謝謝教學。

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